เป็นที่ทราบกันว่าฟลูออไรด์ในยาสีฟันทำให้ฟันแข็งแรง ผุได้ยาก จากงานวิจัยยอมรับกันว่า ต้องให้ฟลูออไรด์สัมผัสกับผิวฟัน อย่างน้อยวันละ 2 ครั้ง จึงจะป้องกันฟันผุได้ดี นี่เป็นเหตุผลที่เราต้องแปรงฟันอย่างน้อยวันละ 2 ครั้ง

กรณีคนที่เสี่ยงต่อการเกิดฟันผุหรือเกิดฟันผุได้ง่าย ก็จะแนะนำให้แปรงฟันด้วยยาสีฟันฟลูออไรด์เพิ่มเป็นวันละ 3 ครั้ง เพื่อให้ผิวฟันสัมผัสกับฟลูออไรด์ได้บ่อยขึ้น ผลการป้องกันฟันผุ จะได้มากขึ้นด้วยเช่นกัน

อีกประการหนึ่งที่จะทำให้ฟลูออไรด์ในยาสีฟันออกฤทธิ์ป้องกันฟันผุได้เต็มประสิทธิภาพ จะต้องแปรงฟันให้นานอย่างน้อย 2 นาที เพื่อให้มีเวลาพอที่ฟลูออไรด์จะไปจับบนผิวฟันได้แน่นหนาและทั่วถึง ถ้าใช้เวลาแปรงฟันสั้นมาก ฟลูออไรด์ยังไม่ได้ทันจะสัมผัสกับผิวฟันก็ถูกบ้วนออกมา ประสิทธิภาพการป้องกันฟันผุก็จะลดลง